Skill Catalogue for Microbiome Informatics Study
微生物组信息学技能目录 - 帮助研究人员快速找到合适的工具并学习使用方法。
# Node.js 依赖 (文档)
npm install
# Python 依赖 (工具)
pip install -e ".[dev,pipeline]"# 启动文档网站
npm run dev
# 访问 http://localhost:5173
# 生成技能文档
python scripts/generate_from_example.py# 构建静态站点
npm run build
# 部署到 GitHub Pages
git push origin main
# GitHub Actions 会自动部署| 工具 | 用途 | 难度 |
|---|---|---|
| MetaPhlAn 4 | 物种级分类分析 | ⭐ |
| HUMAnN 3 | 功能谱分析 | ⭐⭐ |
| QIIME 2 | 扩增子分析平台 | ⭐⭐ |
| DADA2 | ASV 去噪 | ⭐⭐ |
| mothur | 16S 分析 | ⭐⭐ |
| fastp | 质量控制 | ⭐ |
| MEGAHIT | 宏基因组组装 | ⭐⭐⭐ |
- bioBakery - 集成分析流程
- 16+ 工具和工作流
- 4 核心概念
- 100% 数据来自官方文档
- 26 Git Commits
16S 概念 → fastp 质控 → QIIME 2/DADA2 → 多样性分析
宏基因组概念 → MEGAHIT 组装 → MetaPhlAn → HUMAnN
- VitePress - 现代文档框架
- Vue 3 - 前端框架
- Pydantic - 数据验证
- BeautifulSoup - 网页爬虫
- Snakemake - 工作流管理
- GitHub API - 工具信息
- PyPI API - Python 包
- 官方文档 - 详细说明
skillpi/
├── docs/ # 文档网站
│ ├── .vitepress/ # VitePress 配置
│ ├── skills/ # 技能文档
│ ├── guide/ # 使用指南
│ └── index.md # 主页
├── src/skillpi/ # Python 包
│ ├── models.py # 数据模型
│ ├── scrapers/ # 爬虫模块
│ └── generators/ # 文档生成器
├── scripts/ # 辅助脚本
├── data/ # 数据文件
├── tests/ # 测试
├── package.json # Node.js 配置
└── pyproject.toml # Python 配置
- 快速开始 - 5 分钟上手
- 开发指南 - 贡献代码必读
- VitePress 迁移 - 框架迁移说明
- CI/CD 指南 - 部署配置
# 运行测试
pytest
# 代码格式化
black src/ tests/
ruff check src/ tests/
# 类型检查
mypy src/- Fork 仓库
- 创建分支 (
git checkout -b feature/amazing-feature) - 提交更改 (
git commit -m 'Add amazing feature') - 推送到分支 (
git push origin feature/amazing-feature) - 创建 Pull Request
MIT License
感谢以下开源项目：
最后更新: 2026-03-18