BioinfoScripts/col2row.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 25.08.2005

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### Reads the line of both files in a hash and gives either lines out that  ###
### are not found in the other file or only those that are found (-s).      ###
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use strict;
use Getopt::Long;

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
    $col,
   );

##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
      "help!"      => \$help,   # print this help
      "col:i"      => \$col,    # column to translate to row
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

##############################################################################

# help
if ($help) {printHelp(); exit}

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### SETTINGS #################################################################
##############################################################################

# Get Author Information
my $author;
my $sg= "finger  " . `whoami`;
my @authorName = `$sg`;
@authorName = grep /life/, @authorName;
foreach (@authorName){
  if (/life:\s+(\S+\s+\S+)/){
    $author =  $1;
    last;
  }
}
my $dbsubmitter = $author;

# Get Date
my @submitDate = split(" ", `date`);
my $dbsubmitDate = $submitDate[2] . "-" . $submitDate[1] . "-" .
                   $submitDate[5];

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### SUBROUTINES ##############################################################
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##############################################################################
sub printHelp {
##############################################################################
    # prints a help about the using and parameters of this scripts
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0 -in=<path> -field=[string] -stop=[integer] " .
             "-output [stdout|database] -help -list -verbose\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s%-20s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0 -in=../../databases/locuslink/locuslink_031007.txt ";
}

##############################################################################
### END OF SUBROUTINES########################################################
##############################################################################


############
### MAIN ###
############

###################

my $output = "";
while(<>){
    my $l=$_;
    chomp($l);
    my @a = split(/\s+/,$l);
    $output .= $a[$col]."\t";
}
chop($output);
print "$output\n";

###############
## end of main
## end of script